La historia de amor de Cleopatra y Marco Antonio dio como fruto tres hijos: los gemelos Cleopatra Selene y Alejandro Helios (40 a.C.) y el menor, Ptolomeo Filadelfos. Aunque fueron trasladados a Roma y exhibidos en el desfile de triunfo de Augusto, después quedaron a cargo de Octavia la Menor, viuda de su padre. De los tres hermanos, solo Cleopatra Selene alcanzó la edad adulta y, al igual que su madre, llegó a ser reina.

Cuando contaba alrededor de 20 años de edad (20-19 a.C.) se casó con Juba II, otro heredero/rehén criado en Roma. Su padre, Juba I, rey de Numidia, había llegado al trono apoyando a Pompeyo frente a César, y tras la derrota de Tapso (45 a.C.) se suicidó, pasando sus territorios al control de Roma. Juba II recibió una educación exquisita y llegó a combatir en Actium con Augusto (31 a.C.) quien, en agradecimiento, le concedió la mano de Cleopatra Selene. Antes de su matrimonio, en el 25 a.C. Juba ya había sido nombrado rey de Getulia, Numidia y Mauritania.

Cuando el matrimonio se instaló en su reino de Numidia, sus costumbres romanas chocaron con la tradición del país y sus habitantes, de modo que decidieron trasladarse a Mauritania y establecer la capital en Iol Caesarea (hoy Cherchel, Argelia), renombrada así por Augusto. Juba II fue uno de los monarcas más reconocidos de su época, con una cultura enciclopédica, alabada entre otros por Plinio. Por lo poco que ha llegado a nosotros acerca de Cleopatra Selene, parece que heredó de su madre la inteligencia, la cultura y las buenas dotes para el gobierno. A pesar de su romanización, Cleopatra mantenía el orgullo de su estirpe ptolemaica y las creencias de su tierra natal, entre ellas el culto a Isis. Así, por su influencia, las monedas de Mauritania llevan numerosos símbolos de la diosa egipcia, como su tocado y el sistro (v. lote nº 142, subasta I-8) o símbolos astrales, acompañados de otros que remiten claramente al país del Nilo, como el uraeus, el cocodrilo, o la cornucopia similar a la usada en las series monetarias ptolemaicas. De la importancia de Cleopatra como reina también nos da idea que aparece en las monedas junto a su esposo, con su nombre escrito en griego y el título de “basilisa” (reina). Curiosamente, hay emisiones de denarios en cuyo anverso aparece Juba II con el título “rex”, rey, en latín, mientras que Cleopatra ocupa el reverso con la titulación de “basilisa”, en griego.

Pero la influencia de los orígenes egipcios de Cleopatra no solo alcanzó Mauritania, sino que cruzó el Estrecho y quedó plasmada en una emisión monetaria de Carthago Nova (Cartagena). Se trata de un semis (RPC 169) (Subasta I-9, lote nº 7) en el que se menciona a Juba II como duunviro quinquenal, cargo honorífico que podría deberse a su contribución para cubrir los gastos de la construcción de la Vía Augusta. En el anverso de esta moneda aparecen diversos instrumentos sacerdotales, mientras que en el reverso se muestra el símbolo de Isis, con los cuernos de vaca y el disco del que salen dos plumas, acompañado por la leyenda IVBA REX IVBAE F II V QV.

Cleopatra Selene murió el 6 a. C., mucho antes que su esposo, que falleció el 23  o el 24 d.C.; se cree que ambos fueron enterrados juntos en el mausoleo real cerca de Tipasa. Su hijo Ptolomeo de Mauritania heredó el trono, aunque fue envenenado por Calígula el 40 a.C. Con él terminó la dinastía de los Ptolomeos, si bien, siglos más tarde, otra reina mítica de la antigüedad, Zenobia de Palmira, se diría descendiente de esta estirpe.